Det bedste tidspunkt at besøge Baltra, og Galápagosøerne generelt, er året rundt, da dyrelivsobservationen konsekvent er fremragende, men hver sæson tilbyder lidt forskellige oplevelser.For rejsende, der leder efter varmere, roligere vand ideelt til svømning, snorkling og dykning, foretrækkes ofte den "varme og våde" sæson fra december til maj. I disse måneder er luft- og havtemperaturerne på deres højeste, hvilket gør vandaktiviteter særligt behagelige. Du vil også se mere landbaseret dyrelivsaktivitet, såsom landleguaner, der bygger reder, og grønne havskildpadder, der klækkes.Den "kølige og tørre" sæson, fra juni til november, er fremragende til at spotte et bredere udvalg af havdyr, herunder hvaler og delfiner, på grund af det køligere, næringsrige vand, der føres med Humboldtstrømmen. Mens luft- og havtemperaturerne er lidt lavere, er denne periode fantastisk til fuglekiggeri, med arter som den bølgealbatros, der bygger reder. Hvis du er ivrig efter at se specifikke fuglearter eller større havdyr, kan dette være din foretrukne tid.I sidste ende afhænger den "bedste" tid af dine personlige præferencer for vejr og det specifikke dyreliv, du håber at møde.