For de fleste besøgende er det bedste område at bo i på Yonaguni omkring Izumi, øens hovedby.Izumi er øens centrum, hvor du finder de fleste af øens faciliteter, herunder butikker, restauranter og havnen for færger til Ishigaki. Det er et lille, gåvenligt område, hvor de fleste etablissementer ligger langs hovedvejen, der løber gennem byen. At bo her sikrer, at du er tæt på vigtige tjenester og har nem adgang til at udforske resten af øen.Par, der søger en bekvem og komfortabel base, vil finde Izumi tiltalende. Området tilbyder et godt udvalg af pensionater og små hoteller, mange med lokale spiseoplevelser. Det er også en kort køretur fra øens to hovedattraktioner: det mystiske Yonaguni-monument og de fantastiske naturskønne udsigtspunkter langs vestkysten.For dem, der prioriterer et roligt ophold med direkte adgang til havet, tilbyder områder lige uden for Izumi, især langs vestkysten, nogle få afsidesliggende overnatningssteder.