De bedste områder at bo i på Yakushima er Miyanoura- og Anbo-regionerne, især for dem, der søger bekvemmelighed og adgang til faciliteter.Miyanoura, der ligger på øens nordkyst, er det vigtigste adgangspunkt for de fleste besøgende, der ankommer med færge. Det er den største by og har det bredeste udvalg af restauranter, butikker og overnatningsmuligheder. Her finder du Yakushima Environmental Culture Village Centre, som er et godt sted at samle information og planlægge dine vandreture. Området omkring færgeterminalen og langs hovedvejen, rute 594, tilbyder mange valgmuligheder.Dette område er særligt godt for familier på grund af koncentrationen af faciliteter. At have flere spisesteder og let tilgængelige butikker kan gøre et ophold med børn meget mere problemfrit. Nærheden til færgeterminalen forenkler også ankomster og afgange.Anbo, på øens østkyst, tilbyder også et godt udvalg af overnatningsmuligheder og er en bekvem base for at udforske de sydlige og østlige dele af øen. Det er den næststørste by og giver god adgang til populære vandrestier som dem, der fører til Jomon Sugi.For par, der nyder at vandre, giver et ophold i Anbo fremragende adgang til mange stier, hvilket giver mulighed for tidlige starter for at undgå folkemængderne.