Det bedste tidspunkt at rejse til Samothraki er i skuldersæsonerne maj, begyndelsen af juni, september og begyndelsen af oktober.Disse måneder byder på behageligt vejr til at udforske øens naturlige skønhed og arkæologiske steder uden de store sommermængder. Du vil finde temperaturer, der er behagelige til vandreture til vandfaldene og til at dyppe sig i vathres (naturlige klippebassiner), typisk lige fra de høje teenageår til midt i 20'erne Celsius.For dem, der nyder en roligere oplevelse, er maj og begyndelsen af juni særligt gode. Øen er frodig efter forårsregnen, og havet er varmt nok til at svømme i. Du vil have mere plads ved det arkæologiske sted Helligdommen for de Store Guder.September og begyndelsen af oktober er ideelle for rejsende, der foretrækker lidt køligere temperaturer og færre turister. Havet forbliver varmt fra sommeren, hvilket gør det fremragende til at svømme i, og øen bevarer et afslappet tempo.