Det bedste tidspunkt at rejse til Megisti er i skuldersæsonerne maj, begyndelsen af juni, september og begyndelsen af oktober.I disse måneder er vejret behageligt varmt, ideelt til svømning og udforskning af øen uden den intense varme midt på sommeren. Du vil finde øen mindre overfyldt end i juli og august, hvilket giver mulighed for en mere afslappet oplevelse ved arkæologiske steder og lokale taverner. Fly- og færgeforbindelser er regelmæssige, hvilket sikrer bekvem rejse.For dem, der nyder en livlig mulighed og ikke har noget imod højere temperaturer, tilbyder juli og august den fulde sommeroplevelse med alle services fuldt operationelle og en travl havn. Dette er højsæsonen for mange, med masser af muligheder for bådture og aftenaktiviteter. Selvom der er travlere, bevarer Megisti sin charme, og de varme aftener er fremragende til udendørs spisning.Rejsende, der søger en rolig flugt, kan overveje slutningen af april eller slutningen af oktober. Vejret kan være lidt køligere, men øen er meget fredelig og tilbyder et indblik i det lokale liv uden for hovedturistsæsonen.