Det bedste tidspunkt at besøge Guanaja er i tørsæsonen, som typisk varer fra februar til august.I disse måneder vil du opleve konsekvent solrige dage og roligt hav, hvilket er ideelt til alle vandbaserede aktiviteter som dykning, snorkling og sejlads. Sigten under vandet er typisk bedst, hvilket giver mulighed for enestående udforskning af koralrevene. Denne periode er særligt god for dem, der søger en rolig og uforstyrret ferie.Skuldersæsonerne i februar, marts og august tilbyder en god balance mellem behageligt vejr og færre besøgende. Du kan nyde den naturlige skønhed og udendørs aktiviteter uden højsæsonens menneskemængder og ofte finde god værdi på indkvartering og udflugter. Dette kan være fantastisk for par, der søger en romantisk og uforstyrret ferie.Mens regntiden (september til januar) bringer mere regn, er det normalt i korte, kraftige byger efterfulgt af solskin. Denne periode kan stadig være fornøjelig for dem, der ikke har noget imod lejlighedsvise byger og måske sætter pris på det frodige, grønne landskab og endnu færre turister.