Babahoyo er en ækvatorial by, så det bedste tidspunkt at besøge er i den tørre sæson, som strækker sig fra juni til december.I disse måneder vil du opleve mindre regn og generelt mere solrigt vejr, hvilket gør det mere behageligt at udforske byen og dens omgivelser. Gennemsnitstemperaturen forbliver konstant varm hele året, typisk omkring 25-30°C (77-86°F), så du kan altid forvente tropisk varme.Den tørre sæson er særligt god for dem, der ønsker at nyde udendørs aktiviteter som bådture på Babahoyo-floden eller udforske de lokale landbrugsområder.