At planlægge efter vejret har meget at sige, hvis din rejse til Shinonsen skal gå godt, især når du flotter dig. August og juli er som regel de varmeste måneder med en gennemsnitstemperatur på 23°C, mens januar og februar er de koldeste måneder med en gennemsnitstemperatur på 6°C. September, juli, august og juni er de mest regnfyldte måneder i Shinonsen. Det regner i gennemsnit 259 mm om måneden.