Oprindelsen af ordet Junkanoo er uklar. Nogle siger, at det kommer fra det franske "L'inconnu" (som betyder det ukendte), med henvisning til den maske, som paradere bærer; eller "junk enow", de skotske bosætteres henvisning til paraderne, der betyder "junk nok"; eller "John Canoe", navnet på en afrikansk stammehøvding, der krævede retten til at fejre med sit folk, selv efter at være blevet bragt til Vestindien i slaveri. Her på Turks- og Caicosøerne har Junkanoo været en fejring af salthøsthandelen, som fandt sted under handelen med saltet. Når handelsskibe ville bringe varer for at handle for det høstede salt, blev det fejret af øboerne ved at slå trommer, gryder og pander, skrabning af save, skrubbebrætter, rystning af maracas, koklokker og blæsning af konkyliehorn og fløjter.