Ifølge de aserbajdsjanske historikere går byens navn tilbage til etnonymet Sakas, der nåede territoriet til det moderne Azerbaijan i det 7. århundrede f.Kr. og befolkede det i flere århundreder. Det går tilbage til en tid, hvor det var et markedscenter på Silkevejen, der forbinder Dagestan, Rusland med de nordlige handelsruter gennem Kaukasus. Mange offentlige steder og private huse i Shaki er dekoreret med shebeke, et trægitter af stykker farvet glas, holdt sammen uden lim eller en enkelt søm. Teknikken er kompleks og kun kendt for nogle få kunsthåndværkere, der videregiver deres omhyggelige håndværk fra generation til generation. Shaki Khans-paladset, som var en sommerresidens for Shaki Khans, er stadig et af de mest synlige vartegn i Shaki. Konstrueret i 1762 uden en enkelt søm er et af de mest vidunderlige monumenter i sin epoke. Det historiske centrum af Sheki med Khan's Palace blev føjet til UNESCOs verdensarvsliste i juli 2019.