Esmeralda Cenote er en naturlig perle beliggende i Bacalar-lagunen. Dens navn kommer fra dens karakteristiske intense smaragdgrønne farve, et resultat af blandingen af ​​mineraler og underjordiske vandstrømme, der opstår i dette område. Det er et punkt med stor dybde, der skaber en overraskende kontrast til det turkise vand, der omgiver det. Under bådturene gøres der et stop for at beundre dens skønhed og lære om dens økologiske betydning, da det er her, en af ​​kilderne, der forsyner lagunen, ligger. Af sikkerheds- og bevarelsesmæssige årsager er badning dog ikke tilladt på dette sted. Besøget er begrænset til at observere det fra båden.

Cocalitos Cenote, kendt som "Stromatolitternes Helligdom", er en af ​​Bacalars mest symbolske naturperler. Dets lavvandede, krystalklare vand giver mulighed for tæt observation af disse gamle formationer, der betragtes som de ældste levende organismer på planeten. På grund af deres skrøbelighed og for at bevare dette unikke økosystem er svømning dog forbudt i de områder, hvor stromatolitterne findes. Af denne grund er Cocalitos et stop, man kan beundre fra båden under bådture i Laguna de los Siete Colores, uden mulighed for at gå i vandet i det specifikke område. Denne foranstaltning har til formål at beskytte og bevare denne naturskat for fremtidige generationer.

Kun få meter fra Cocalitos Cenote stopper bådture ved et lavvandet, krystalklart område af Bacalar Lagoon, ideelt til svømning og afslapning. Dette svømmested skiller sig ud med sit lave vand, sandbunden og den karakteristiske turkise farve, der giver Laguna de los Siete Colores sit navn. Det er et sikkert og perfekt sted at dykke, flyde eller blot nyde landskabet. I modsætning til andre dybere eller mere delikate steder er svømning tilladt her, hvilket gør det til et af de mest ventede øjeblikke på turen.

Bird Island er en lille ø beliggende i Bacalar-lagunen, kendt for at være et naturligt reservat, hvor forskellige fuglearter lever og yngler, såsom hejrer, rosenrøde skestorke og skarver. Dens tætte vegetation og ro gør det til et vigtigt sted for fuglekiggeri og fordybelse i det lokale økosystem. Under bådture gøres der stop foran øen for at beundre den fra båden, da det af bevaringsmæssige årsager ikke er tilladt at gå i land og svømme i dette område. Det er et beskyttet område, der fremhæver Bacalars naturlige rigdom.

Piratkanalen er en af ​​de mest ikoniske destinationer i Bacalar, Quintana Roo. Denne naturlige kanal forbinder Bacalar-lagunen med Hondo-floden og skylder sit navn historierne om pirater, der i kolonitiden brugte denne rute til at plyndre regionen. Under bådture navigerer besøgende gennem kanalen, hvilket giver dem mulighed for at nyde det krystalklare turkise vand og den sandbund. Når man er der, gøres der et stop, hvor gæsterne kan gå fra borde for at svømme og nyde omgivelserne. Det lave vand og den blide strøm gør dette til et ideelt sted at slappe af.