Middelalderens Cairo, også kendt som Fatimid Cairo, blev grundlagt i 969 som kongelig indhegning for Fatimid-kalifferne, mens den egentlige økonomiske og administrative hovedstad lå i det nærliggende Fustat. Efter at Fustat blev ødelagt i 1168/9 for at forhindre korsfarerne i at indtage byen, flyttede Egyptens administrative hovedstad til Cairo, hvor den har ligget lige siden. Muizz Street går gennem det islamiske Cairo og har en stor koncentration af basarer og islamisk arkitektur. Efter Memphis, Heliopolis, Giza og den byzantinske fæstning Babylon i Egypten var Fustat en ny by, der blev bygget som en militær garnison for arabiske tropper.