Folkemordsmuseet (S-21) tjente som det centrale omdrejningspunkt i et stort fængselssystem over hele landet og blev i hele perioden brugt som et hemmeligt anlæg til tilbageholdelse, afhøring, tortur og udryddelse af de, der anses for at være “politiske fjender” af regimet. På grund af en politik med skyld-ved-forening blev til tider hele familier tilbageholdt i centret. Meget få indsatte blev løsladt ud af fængslet i årene 1975 og 1979. Kun 12 tidligere indsatte overlevede åbningen af S-21, da Phnom Penh blev befriet. Fire af dem var børn.
Killing Field mellem 1975 og 1979 af De Røde Khmer i udførelsen af det cambodjanske folkedrab. Beliggende omkring 17 kilometer (11 mi) syd for byens centrum, var det knyttet til Tuol Sleng-detentionscentret. Ligene af 8.895 ofre blev gravet op fra stedet efter Rouges fald, som ville være blevet henrettet der - typisk med hakker for at bevare kugler - før de blev begravet i massegrave.