Gennem Khujands historie var dens fæstning i centrum af byen. I 2500 år udvidede Khujand-fæstningen med byen, blev ødelagt af erobrerne og genopbygget igen. Efter arkæologiske udgravninger blev det konstateret, at den første fæstning blev opført i VI-V århundreder f.Kr., og bestod af en dæmningsvoldbakke gradvist omdannet til tykke mure af rå ler. Derudover var der foruden fæstningen en bymur, der dækkede 20 ha. I den store silkevejs storhedstid blev Khujand-fæstningen genopbygget såvel som bymuren. Byen voksede dog endnu mere og var opdelt i tre dele: citadellet, rabad og shahristan. På det tidspunkt blev Khujand-fæstningen betragtet som en af de vigtigste byer i Centralasien. Befæstningen blev dog ødelagt af Genghis Khans hær. I 1219-1220. I 1999 blev en del af den østlige mur af Khujan-fæstningen, der dateres tilbage til det 8.-10. århundrede, restaureret.

I 1999 blev en del af den østlige mur af Khujan-fæstningen, der dateres tilbage til det 8.-10. Århundrede, restaureret og bygget Museum of History and Local Lore of Archaeology and Befästning støder op til det. Dette museum indeholder husholdningsartikler, keramik og værktøjer, der findes på fortets udgravningssted. I alt indeholder museets fond 1.200 udstillinger, hvoraf de fleste er tilgængelige for besøgende.

Dette store mindesemble, der ligger i den historiske del af byen, blev rejst på graven af Muslihiddin Khujandi - herskeren af byen Khujand og digteren, der boede i XII århundrede. Sheikh Muslihiddin var en hellig mirakelarbejder. Først blev han begravet i landsbyen Unji (en forstad til Khujand), men hans beundrere flyttede sheikens aske til byen og rejste et mausoleum på dette sted. Det var i det 12. århundrede. Derefter var mausoleumet et lille gravkammer af brændte mursten dekoreret med terracotta. Denne grav blev ødelagt under den mongolske invasion. I det XIV århundrede blev mausoleumet genopbygget igen. I dag er Sheikh Muslikhiddin Mausoleum et arkitektonisk ensemble bestående af en moske, en minaret fra det 19. århundrede (højde over 20 m) og sheik Muslikhiddin's mausoleum.