Folkemordsmuseet (S-21) fungerede som det centrale knudepunkt for et stort fængselssystem i hele landet og blev i hele perioden brugt som en hemmelig facilitet til tilbageholdelse, afhøring, tortur og udryddelse af dem, der betragtes som “politiske fjender” af regimet. På grund af en politik med skyldfølelse efter forening blev hele familier indimellem anholdt i centret. Kun få fanger blev løsladt fra fængslet i 1975 og 1979. Kun 12 tidligere indsatte overlevede åbningen af S-21 da Phnom Penh blev befriet. Fire af dem var børn.
Dræbte feltet mellem 1975 og 1979 af Røde Khmer i at begå folkemordet i Cambodja. Beliggende omkring 17 kilometer (11 mi) syd for byens centrum, var det knyttet til Tuol Sleng fængselscenter. Kroppen af 8.895 ofre blev ekshumeret fra stedet efter faldet af den røde khmer, som ville have været henrettet der - typisk med pickaxes for at bevare kugler - før de blev begravet i massegrave.